연말정산은... 극히 일부 병원비, 교육 등, 소득에서 제해주는 비용이 많을 경우에 한해서 원천징수 한 세금을 다시 정산해주는 것입니다.
월급을 받을 때 회사에서 국세청 대신, 일률적으로 (회사마다 다 다르죠..) 계산해서 월급에서 제하고 임금을 줍니다. 그리고 나중에 연말정산을 하면서 본인의 인정 소득에 맞게 세금을 낸 것인지 계산을 하는 것이죠. 어차피 월급을 받을 때 실제 인정 소득을 알 수 없으니 임의로 떼는 것이라... 실제 세금과 차이가 납니다.