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실험에 대해 개뿔도 모르는 소리죠.
더군다나 샘플이 전염병이라 더 힘들텐데요.
지금은 평소에 싫던 좋던 의료진들에게 감사하며 코로나가
잡히기만 기다리는거죠.
개인적으론 교육시켜서 대학에 있는 실험장비도 가동시켰으면 하는데
전염병이라 안되나 봐요 ㅜㅜ
의료진들에게 메리크리스마스가 됐으면 하네요.
STEMCELL
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오히려 반응이 끝난 후 PCR은 젤 내려야하는 것에 비해 RT PCR은 장비가 바로 읽어서 결과를 내주기에 더 간편하고 더 빠릅니다.
샘플이 전염병 샘플이라 감염의 위험성 말고는 딱히 어려울 것도 없습니다.
키트만 있으면 대부분 RT PCR장비가 있는 곳에서도 검사가 가능하죠. 장비는 성능과 부가옵션에 따라 다르지만 1~2천만원정도 하고 더 싼거도 있습니다. 대부분 molecular work을 하는 생명공학쪽 연구실은 한 두대씩은 있습니다.
보통 96 well 플레이트에 듀플리케이션으로 돌리면 한번 장비 돌리는데 최소 40명분 정도 가능하고 러닝타임 조건은 모르지만 2시간 이내로 끝날거에요. 장비하나당 하루 2~3백명은 충분히 커버할 수 있을 것 같네요.
참고로 연구원 5명 규모의 저희 회사는 3대가 있습니다.
써모께 하급이 3천정도 하죠.
그리고 준비과정이 딱히 다를게 없죠. 파이펫, 샘플, 아이스, 랙, 튜브, 시약 끝이죠. 시약이나 시약들어가는 과정이 조금 다를 뿐이지 PCR이나 rt PCR 이나.. 전체적인 개념에서는 같지요. (원스텝에 프리믹스까지..) 석사논문, 박사논문 쓸당시에 당연히 직접 돌렸고, 지금도 학생들이나 밑에 연구원들 시킬 짬은 안되서 직접 돌립니다 (그리고 PCR은 손 많이 탑니다. 직접 실험하시는 소장급들도 믿을만한 연구원 아니면 직접 합는 경우가 많이 있습니다.)장비 쓰는거야 중, 고딩들도 가르치면 하는거구요.
음... 일단 이력 쓸때, 할줄 아는 시험기법 소개시에 PCR과 RT-PCR을 딱히 구분하지 않습니다.
샘플넣고 프라이머 넣고,, 이 밖에 필요한 효소들과 재료를 넣는 기본적인 원리는 같기 때문이죠. 물론 이후 디텍팅 방법이나 해석하는 부분에서는 별도의 다른 지식을 가지고 있어야 하는 것은 맞습니다.
아시겠지만, 두 기법의 큰 차이점은 유전자 단편이 증폭된 이후 디텍딩 가능한 물질을 처리하여 확인하느냐, 아니면 증폭되는 중간에 형광물질이 끼어들어 실시간으로 확인하느냐의 차이이죠.
이 차이로 인해서 민감도와 해상도가 차이나고, 정량적 해석이 가능하냐 안하냐로 나뉘기도 하지만.. 결국 한 카테고리로 보지요.
사람마다 관점이 다를 수는 있겠지만.....
과거의 일반 제한효소를 쓰느냐 cas9을 쓰느냐, 분명이 다른 기술이지만 결국 유전자를 자르는 기술이고 대부분의 사람들은 이는 유전자 재조합기술의 카테고리 범주로 보지요.
예를 하나 더 들자면 westen blot 경우도 젤에 그대로 내려서 실버스테이닝, 쿠시마블루스테이닝을 하든, 멤브레인에 트랜스퍼하여 케미닥으로 확인을 하던, 필름지로 한번 더 옮겨 확인을 하던, 기본적인 범주에서 디텍션차이로 다른 시험 기법으로 보지는 않습니다. 각자 용이한 방법에 따라 디텍팅 과정이 다를 뿐 큰 개념인 웨스턴으로 통칭을 경우가 대부분인거 같습니다.
1. DATA 신뢰도문제 : 주기적으로 QC받아가며 검사하시는 분들에게서도 false-positive, false-negative data 가 나오는데
데이터의 신용도는 괜찮을지도 의문이 들더라구요
키트가 만능은 아닌지라 .
2. 전처리 과정이 어떨지는 모르지만
바이러스를 취급하는 곳에서 받아야 하는 인증들을 다 갖추고 있어야 하므로 그 선택의 폭 또한 좁아질 수 있습니다. 또한 ㅍㅖ기물 처리도 인증되어야 할겁니다. 검사하다가 검체 관리의 실수 또는 ㅍㅖ기물 관리 실수로 퍼지기 시작 한다면..
것또한 큰일이니까요 ..
뭐 이런거 저런거 다 따지니 사실 어떤게 최선인지는 판단하기가 좀 애매하지만
RT-PCR 이라는 검사 방법 딱하나만 생각한다면 primer sequence랑 PCR조건만 알아도 시도해 볼 수 있지 않을까 ..다른 장비들 사실 놀고 있는 시간이 더 많을 텐데..
라는 생각에 안타깝긴 했습니다
의료진들 너무 고생이 많을 것 같습니다 .
항상 감사해 하고 있습니다 ~
기본적으로 감염성이 크게 낮으면 1단계, 감염성은 있으나 인체에 크게 치명적이지 않으면 2단계, 감염시 치명적이나 예방 및 치료가 가능하면 3단계, 치료가 힘들거나 불가능할 시에는 4단계가 됩니다.
우리나라에 BL3등급 연구실이 많지 않은 것으로 봐서는 그 동안 검사수를 감안할 때(또한 지인중에 실제 코로나 검사 실험하는 인원의 이야기를 들었을때) 등급을 고려한 곳에서 검사가 이루어지는 것 같지는 않습니다.
따라서 정말 정부에서 도움을 요청하면 일단 2등급 연구시설에서도 충분히 검사 가능할 것으로 보여서, 글쓴분이 다른 글 댓글에서 전수검사로 인한 국가 혼란, 마비, 방역붕괴 등의 사태는 기우일 것으로 판단 됩니다.
그리고 폐기물은 연구소 설립시 대부분 기관 등록을 할 때 의료 폐기물이 나오는 랩의 경우 폐기물수거업체와의 계약서를 증빙서류로 제출 하여야 하며, 오토클레이브 등을 이용하여 생물학적 폐기물은 불활성화 시켜서 배출, 수거 하게끔 되서 있습니다.
한국은 바이오산업 연구투자대비 매우 수준 높은 (예상컨데 한손에 꼽을 정도) 시설과 기술을 보유한 나라 입니다.
저희도 우스게 소리로 시퀀스랑 조건만 알면 직원들 매일 검사 하자고 말하고 있습니다. 하루에 한 번 가동될까 말까 하니까요. PCR 시료들이 비싸긴 하지만...
(그러나 해당 키트 제조사가 공개하지 않겠죠... )
개인적으로는 전수 검사 하는 것에 대해 찬성하는 편입니다. 지금 역학조사, 감염경로 붕괴된지 오래거든요. 못 막아요. 그나마 전수검사하는게 효과가 있을 것 같습니다. 물론 전수검사를 준비하고 실행하는 건에 대한 문제는.. 저도 모르겠네요. 어느정도 여건이 되는지 관계자가 아닌지라... 여건이 안된다면 안하느니 못할 수도 있으니..
합리적인 판단을 해주길 기원하나, 그 동안의 방역정책을 보면 상식선에서 이해 안가는게 너무 많았습니다.
내용추가. 찾아보니 이미 시퀀스 공개가 된 것들이 있네요. 파지티브 샘플만 있다면 검증 후 저희 랩에서도 가능은 하겠네요.
현재 검체 부분은 의료진이 합니다.
저도 검체 하는 보건소 가봤는데
하루에 의료진이 커버 할 수 있는 인원이 있어요.
전수 검사는 말 그대로 닥치는 대로 지역에 있는 인원을 빠른 시간안에
검사한다는 겁니다. 하루에 10만명 검사해서 4~500일 걸리는 검사는 팬데믹 폭증에서 의미도 없다고 봅니다. 그럼 하루에 100만명 검사해서 대충 40일 정도에 끝내야 한다는 건데
그게 우리나라에서 가능하다고요? 50만도 하루에 검사 못할 텐데요?
3차 유행 터지기 전에도 표본추출하듯 랜덤하게 검사해서 지역 사회에 어느 정도 퍼졌는지 확인할려던 것도
제대로 못했는데요 (하긴 했는데 표본이 너무 작았죠). 우리나라 검사 능력 아직 완전하지 않습니다.
참고로 1년 넘게 진행한 검사가 400만 건도 못넘었습니다. 전수 검사를 주장하는 분들은 우리나라 검사 능력을 너무 과대 평가 하시는 것 아닌지 의문입니다.
물론 지적하신대로 우리나라 사기업들에 장비들은 많이 있겠지만요. 문제는 당장 코로나 검체 검사 할 정도 방역 수준을 갖춘
곳은 적은 것도 사실이고요.
검체도 문제지만 검사 자체도 하루에 가능한 한계가 있지 않나요? 기기 한번 돌리고 바로 사용 가능 할까요? 최소 방역 작업 거치고 다시 돌려야 될것 같은데요.
혹시 서열이랑 조건만 안다면 바로 검증 가능하다고 하셨는데... 조건이야 보통 기본 랩프로토콜에서 troubleshooting하면서 찾으면 어렵지 않게 찾아서 그건 큰 문제가 아니지 않나요? 파지티브도 있으면 좋은거지 없다고 못할꺼는 아니라고 보는데요.
결국 RT는 증폭되는 과정을 실시간으로 보여주는 것이고
일반 역시 환자 몸에 일반적으로 퍼져 있는 바이러스 양이 통계적으로 확인이 안되는 것도 아니라서 증폭 후 농도 체크 하면
파지티브 없어도 신속키트 보다 나은 결과를 보여줄것 같은데요.
저는 오염이 무서워서 못하는거 라고 생각했거든요. 저도 궁금해서 프라이머 짜본적있었습니다. 돈 아까워서 주문은 안했지만요.^^
그리고 시퀀스는 코로나 사태 전에도 코로나 관련 서열들은 있었습니다. 제 전공도 Phylogenomics입니다.
일단 의료진 상황은 저도 모릅니다. 인력지원이 얼마나 가능할지..연구원 혼자서 샘플 백개 돌리는데 20~40분이면 충분하나 20 ~40분만에 백명의 검사대상자에게서 검체를 채취하는데는 필요한 인원은 상당히 많아야 하니까요.
전수검사 기간이 길어지더라도 무증상 확진자가 지속하여 전파하는 기회 가능성은 줄일 수 있습니다. 대략 30퍼센트 의 감염자가 깜깜이 확진자 입니다. 별다른 감염경로가 없는데 걸렸고, 그 감염자 길에 활보하고 다니는 것까지는 피해가 적지만, 마스크를 벗고 음식을 먹거나 집에서 가족에게 전파하는 상황이 생기는 것을 고려하면.. 근본적인 방역 헛점을 차단할 수 있죠.
그리고 RT PCR에서 파지티브 없이 돌린다는 것은...결국 과학적인 근거를 기반한게 아닌 감으로 때려잡겠다는 것 같네요. 파지티브 없어 어떻게 판단하신다는 것인지 잘 모르겠네요. 박사과정때 이후 공부랑은 손 뗀지 오래라 새로운 기법이 나온건지..저로써는 PTC 없이 rt pcr을 돌려 판단한다는게 이해가 안가네요.
혹시 제가 모르는 방법이 있는거라면 알려주세요. 저도 기본 원리를 이용해 제 분야의 유전자 발현 정도만 확인했지, 다른 여러 활용법을 다 아는건 아니니까요.
이전에 판코로나 검사라고 코로나 계통을 통으로 검사해서 추후 분리 분석하는 방법을 썻지만 시간이 오래걸리죠.
그리고 지금은 몇 몇 기업에서 파지티브를 제공하는 것 같더군요. 근데 그건 개인이 받을 수 있고 한게 아닌 것 같네요. 기업차원에서 신청하고 검사를 협조하는 대가로 받는 것 같네요. 정 하고 싶다면 코로나 바이러스의 RNA를 합성해서 해도 되겠지만.. 굳이... 돈들여서 해야할 일은 아니라고 봅니다.
논문이나 정확한 데이터라면 당연히 포지티브 걸어서 비를 확인하는게 당연하겠지요. 다만 현재 신속검사의 성능이 60%가 안된다고 해서요. 그렇다면 포지티브 없이 확인하는게 신속검사보다 떨어지지 않지 않는가라고 한겁니다. 그리고 바이러스 RNA를 합성할 필요 없이 DNA 바로 합성하면 되지 않나요? RNA 합성해도 다시 cDNA 만들어야 되는데요.
전수 검사가 가능하다고 하셔서 쓴 글이였습니다. 우리나라에서 가장 큰 업체인 마크로젠이 껴도 전 힘들꺼라고 생각했거든요.
전 개인적으로 100명이상의 검체에 별도의 adapter 서열을 부여한 특정 코로나 프라이머를 연결 시켜서 혹시 NGS를 이용하면 안되나? 라는 생각은 해봤는데.. 다른 전문가들이 이렇게 하지 않는거 보면 제가 잘못 생각한 것 같아요.
결국 확진자와 비확진자 사이의 코로나 RNA 뎁스 차이는 확연히 들어날것 같은데요. ㅜㅜ
검체 샘플링을 할 때, 우리가 흔히 실험실에서 사용하는 샘플처럼 단일 샘플 또는 정제수준의 깨끗한 샘플들이 아닙니다.
환자가 초기라서 아주 극소량의 코로나 검체가 채취된 경우, ct값이 후반부에 뜨기 시작하여 기준을 잡을 수 없어 판단이 어려울 수도 있습니다.
그리고 대게 논문에 나온 프라이머와 시약, 조건을 동일하게 사용하여도 재현성이 사실 높지 않습니다.
각 랩에 따라서 조건을 기본적으로 잡고 들어가야합니다. 피크 뜨는 것을 확인하여 대략적으로 가늠은 할 수 있겠지만, Positive없이 판단하는 것은 매우 위험합니다.
위양성이 많이 나오는 것 때문에 현재 다른프라이머로 2중 검정도 한다고 하구요..
(사실 1차 음성, 2차 음성, 3차 양성 후 이틀 뒤 사망과 같은 극단적인 사례도 있구요)
그리고 DNA로 바로 제작할 수도 있지만, 원스텝을 사용할 경우 RNA를 사용하여야하며, 투스텝으로 나뉜다고 할때도 cDNA합성이 제대로 되는가에 대한 컨트롤로 같이 걸어줘야 합니다. 문제가 cDNA 합성과정에서 생겼을 수도 있으니까요.
과학적인 검증과 인정을 받으려면 이런 변수에 대해서 모두다 고려하여 실험 설계가 들어가야 합니다.
일단 검체가 넘어 온 시점 이후의 시험은 국내에서 충분히 하려면 어떻게든 가능하다고 봅니다. 바이오업체들의 협력을 얻는다면 말이죠.
문제는 현재 검사소 인력으로 모든 검사자들의 샘플을 채취하는데 얼마나 걸리느냐가 문제죠. 이 부분만 해결이 되면 가능할꺼라 봅니다.
NGS에 대한 부분은 제 지식이 부족하여 달리 드릴 말씀이 없네요. 다만 시퀀싱이 정확도는 더 높을 수도 있겠지만, 비용적인 측면과 장비를보유한 기관이 많지 않아 획기적인 장점이 있지 않다면 어렵지 않을까 생각됩니다. PCR 장비가 있는 랩은 널렸지만, 시퀀싱 장비가 있는 랩은 거의 보질 못했네요.
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