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음... 일단 이력 쓸때, 할줄 아는 시험기법 소개시에 PCR과 RT-PCR을 딱히 구분하지 않습니다.
샘플넣고 프라이머 넣고,, 이 밖에 필요한 효소들과 재료를 넣는 기본적인 원리는 같기 때문이죠. 물론 이후 디텍팅 방법이나 해석하는 부분에서는 별도의 다른 지식을 가지고 있어야 하는 것은 맞습니다.
아시겠지만, 두 기법의 큰 차이점은 유전자 단편이 증폭된 이후 디텍딩 가능한 물질을 처리하여 확인하느냐, 아니면 증폭되는 중간에 형광물질이 끼어들어 실시간으로 확인하느냐의 차이이죠.
이 차이로 인해서 민감도와 해상도가 차이나고, 정량적 해석이 가능하냐 안하냐로 나뉘기도 하지만.. 결국 한 카테고리로 보지요.
사람마다 관점이 다를 수는 있겠지만.....
과거의 일반 제한효소를 쓰느냐 cas9을 쓰느냐, 분명이 다른 기술이지만 결국 유전자를 자르는 기술이고 대부분의 사람들은 이는 유전자 재조합기술의 카테고리 범주로 보지요.
예를 하나 더 들자면 westen blot 경우도 젤에 그대로 내려서 실버스테이닝, 쿠시마블루스테이닝을 하든, 멤브레인에 트랜스퍼하여 케미닥으로 확인을 하던, 필름지로 한번 더 옮겨 확인을 하던, 기본적인 범주에서 디텍션차이로 다른 시험 기법으로 보지는 않습니다. 각자 용이한 방법에 따라 디텍팅 과정이 다를 뿐 큰 개념인 웨스턴으로 통칭을 경우가 대부분인거 같습니다.
현재 검체 부분은 의료진이 합니다.
저도 검체 하는 보건소 가봤는데
하루에 의료진이 커버 할 수 있는 인원이 있어요.
전수 검사는 말 그대로 닥치는 대로 지역에 있는 인원을 빠른 시간안에
검사한다는 겁니다. 하루에 10만명 검사해서 4~500일 걸리는 검사는 팬데믹 폭증에서 의미도 없다고 봅니다. 그럼 하루에 100만명 검사해서 대충 40일 정도에 끝내야 한다는 건데
그게 우리나라에서 가능하다고요? 50만도 하루에 검사 못할 텐데요?
3차 유행 터지기 전에도 표본추출하듯 랜덤하게 검사해서 지역 사회에 어느 정도 퍼졌는지 확인할려던 것도
제대로 못했는데요 (하긴 했는데 표본이 너무 작았죠). 우리나라 검사 능력 아직 완전하지 않습니다.
참고로 1년 넘게 진행한 검사가 400만 건도 못넘었습니다. 전수 검사를 주장하는 분들은 우리나라 검사 능력을 너무 과대 평가 하시는 것 아닌지 의문입니다.
물론 지적하신대로 우리나라 사기업들에 장비들은 많이 있겠지만요. 문제는 당장 코로나 검체 검사 할 정도 방역 수준을 갖춘
곳은 적은 것도 사실이고요.
검체도 문제지만 검사 자체도 하루에 가능한 한계가 있지 않나요? 기기 한번 돌리고 바로 사용 가능 할까요? 최소 방역 작업 거치고 다시 돌려야 될것 같은데요.
혹시 서열이랑 조건만 안다면 바로 검증 가능하다고 하셨는데... 조건이야 보통 기본 랩프로토콜에서 troubleshooting하면서 찾으면 어렵지 않게 찾아서 그건 큰 문제가 아니지 않나요? 파지티브도 있으면 좋은거지 없다고 못할꺼는 아니라고 보는데요.
결국 RT는 증폭되는 과정을 실시간으로 보여주는 것이고
일반 역시 환자 몸에 일반적으로 퍼져 있는 바이러스 양이 통계적으로 확인이 안되는 것도 아니라서 증폭 후 농도 체크 하면
파지티브 없어도 신속키트 보다 나은 결과를 보여줄것 같은데요.
저는 오염이 무서워서 못하는거 라고 생각했거든요. 저도 궁금해서 프라이머 짜본적있었습니다. 돈 아까워서 주문은 안했지만요.^^
그리고 시퀀스는 코로나 사태 전에도 코로나 관련 서열들은 있었습니다. 제 전공도 Phylogenomics입니다.
논문이나 정확한 데이터라면 당연히 포지티브 걸어서 비를 확인하는게 당연하겠지요. 다만 현재 신속검사의 성능이 60%가 안된다고 해서요. 그렇다면 포지티브 없이 확인하는게 신속검사보다 떨어지지 않지 않는가라고 한겁니다. 그리고 바이러스 RNA를 합성할 필요 없이 DNA 바로 합성하면 되지 않나요? RNA 합성해도 다시 cDNA 만들어야 되는데요.
전수 검사가 가능하다고 하셔서 쓴 글이였습니다. 우리나라에서 가장 큰 업체인 마크로젠이 껴도 전 힘들꺼라고 생각했거든요.
전 개인적으로 100명이상의 검체에 별도의 adapter 서열을 부여한 특정 코로나 프라이머를 연결 시켜서 혹시 NGS를 이용하면 안되나? 라는 생각은 해봤는데.. 다른 전문가들이 이렇게 하지 않는거 보면 제가 잘못 생각한 것 같아요.
결국 확진자와 비확진자 사이의 코로나 RNA 뎁스 차이는 확연히 들어날것 같은데요. ㅜㅜ
검체 샘플링을 할 때, 우리가 흔히 실험실에서 사용하는 샘플처럼 단일 샘플 또는 정제수준의 깨끗한 샘플들이 아닙니다.
환자가 초기라서 아주 극소량의 코로나 검체가 채취된 경우, ct값이 후반부에 뜨기 시작하여 기준을 잡을 수 없어 판단이 어려울 수도 있습니다.
그리고 대게 논문에 나온 프라이머와 시약, 조건을 동일하게 사용하여도 재현성이 사실 높지 않습니다.
각 랩에 따라서 조건을 기본적으로 잡고 들어가야합니다. 피크 뜨는 것을 확인하여 대략적으로 가늠은 할 수 있겠지만, Positive없이 판단하는 것은 매우 위험합니다.
위양성이 많이 나오는 것 때문에 현재 다른프라이머로 2중 검정도 한다고 하구요..
(사실 1차 음성, 2차 음성, 3차 양성 후 이틀 뒤 사망과 같은 극단적인 사례도 있구요)
그리고 DNA로 바로 제작할 수도 있지만, 원스텝을 사용할 경우 RNA를 사용하여야하며, 투스텝으로 나뉜다고 할때도 cDNA합성이 제대로 되는가에 대한 컨트롤로 같이 걸어줘야 합니다. 문제가 cDNA 합성과정에서 생겼을 수도 있으니까요.
과학적인 검증과 인정을 받으려면 이런 변수에 대해서 모두다 고려하여 실험 설계가 들어가야 합니다.
일단 검체가 넘어 온 시점 이후의 시험은 국내에서 충분히 하려면 어떻게든 가능하다고 봅니다. 바이오업체들의 협력을 얻는다면 말이죠.
문제는 현재 검사소 인력으로 모든 검사자들의 샘플을 채취하는데 얼마나 걸리느냐가 문제죠. 이 부분만 해결이 되면 가능할꺼라 봅니다.
NGS에 대한 부분은 제 지식이 부족하여 달리 드릴 말씀이 없네요. 다만 시퀀싱이 정확도는 더 높을 수도 있겠지만, 비용적인 측면과 장비를보유한 기관이 많지 않아 획기적인 장점이 있지 않다면 어렵지 않을까 생각됩니다. PCR 장비가 있는 랩은 널렸지만, 시퀀싱 장비가 있는 랩은 거의 보질 못했네요.