일회권 카드 요금은 성인 기준 1150원에서 1650원으로 인상하고, 어린이 요금은 500원에서 750원으로 오른다. 청소년 요금(교통카드 기준)은 720원에서 1120원 400원 오른다. 수도권의 버스, 전철을 9호선으로 환승 하차할 때에는 환승 게이트에서 별도운임으로 500원을 추가 징수할 계획이다.

서울메트로 9호선은 지난달 서울시가 대중교통요금을 150원 인상할 때 9호선 기본운임을 500원 추가 인상하라고 요구해 왔다. 서울시는 서민 물가 에 영향을 미친다는 이유로 반대했고, 서울메트로 9호선은 4·11 총선이 끝난 직후 기습적으로 인상을 결정, 공지한 것이다.

서울메트로 9호선은 공문을 통해 "그동안 서울시의 요청으로 기존 1~8호선과 동일한 요금을 적용했으나, 운임수입 및 운영비 부족으로 적자가 확대됐다"면서 "서울시와 협의를 지속했으나, 최종적 합의에 이르지 못해 (인상하게 됐다)"고 밝혔다.

지난 2009년 7월 개통한 지하철 9호선은 서울 지하철 1~8호선과는 달리 민간투자사업(BOT) 방식으로 건설됐으며 공사비(8995억원)을 포함 총 1조1677억원 이 투입됐다. 시설물에 대한 자산은 서울시에 기부채납한 후 시행사인 서울메트로 9호선이 관리운영권을 한시적으로(30년동안) 받아 운영하는 구조다. 시행사는 운영기간 동안 정해진 범위 안에서 사업자가 자율적으로 운임을 결정하고 징수할 수 있게 돼 있다.

서울메트로 9호선은 1대 주주인 현대로템(지분율 25%)과 2대 주주인 맥쿼리한국인프라(24.5%)이 지분의 절반 정도를 차지하고 있으며, 나머지를 신한은행(14.9%) 포스코ICT(10.19%)등 총 12개 기업이 나눠 보유하고 있다. 운영은 프랑스 기업인 베올리아(VEOLIA Transport RAPT)사가 맡고 있다.